Program Studi Pengobatan Tradisional Indonesia/Program Sarjana Terapan berdiri sejak tanggal 15 Februari 2021 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 008/D/OT/2021 tentang Izin pendirian Program Studi Pengobatan Tradisional Indonesia/Program Sarjana Terapan pada Universitas Negeri Yogyakarta. Program Studi Pengobatan Tradisional Indonesia/Program Sarjana Terapan ini merupakan program studi yang baru. Dalam rangka meningkatkan kualitas program studi, Program Studi Pengobatan Tradisional Indonesia/Program Sarjana Terapan telah melakukan persiapan untuk mengajukan Akreditasi dengan harapan mampu meningkatkan akreditasi program studi menjadi unggul.